內政部表示，發展權移轉在國內外已有數十年經驗，公共設施容積移轉就是典型案例，但因地方執行狀況不一，曾出現許多影響地主權利案例，監察院也已糾正在案。因此，土地發展權應慎重考量，不宜僅憑倡議就直接入法。

內政部強調，地方政府與中央政府都是國土計畫的主管機關，內政部亦是依地方政府國土計畫來審查國土計畫功能分區圖。因此，內政部呼籲各地方政府，尤其是部分農業縣不應混淆視聽，污名化國土計畫法，甚至將農地變更機制誤導為將農地判死刑，並推卸地方責任給中央政府。

內政部指出，農業部正在推動農業堆疊式給付措施，更投入對農漁業直接給付經費2024年超過1,272億、2025年編列超過1,323億元，以及包括照顧土地所有權人權益「農地對地給付」、穩定國內糧食安全生產「確保糧食安全給付」、引導農業與生態永續共存「生態環境給付」，再輔以相關政策措施，將可協助農民各項農業經營實際需求。內政部全力配合農業部讓農業穩健發展，使農民安心從農。