另針對營利事業，也針對房地合一案件加強查核。立法院預算評估報告指出，近年查核補稅金額或調整金額都不低，財政部應持續加強辦理，以維護租稅公平。

財政部針對個人不動產相關所得，近年啟動多項查核計畫，其中針對囤房大戶加強租賃所得，分為持有十戶以上、持有五戶至九戶共兩波查核，合計補稅約2.8億元。

財政部統計，十戶以上專案共查核1,734件，查獲1,007件，查獲率58％，補稅9,985 萬元；五戶至九戶專案共查核7,603 件，查獲3,961件，查獲率52％，補稅近1.8億元。換言之，針對囤房大戶的租金查核，有半數以上都需補稅。

兩大囤房大戶專案查核結束後，財政部自今年起為期兩年，鎖定學校、捷運周邊等租屋熱區，估共將查核8,000件。

除前述專案外，近年財政部也在2020年底至2021年底查核個人租賃所得，共補稅1,085件，補稅4,565萬元。

在個人交易所得方面，查核重點在預售屋房地合一稅、舊制房屋課稅案件等，自2020年底至今年上半年， 約補稅2.5萬件，補稅金額合計54億元。

不只針對個人，國稅局對於營利事業也有專案查核計畫，重點鎖定不動產交易、或是特定股權交易（假賣股、真賣房）等樣態，自2020年底至今年上半年，調整所得金額達177億元，補稅金額則尚無統計。

另外，財政部另針對《境外資金匯回管理運用及課稅條例》（資金專法）回台資金，是否違規投入不動產，也訂有查核計畫。統計2020年底至今年上半年，合計查獲12件，補稅447萬元。

財政部指出，資金專法規定，透過專法匯回資金享有優惠，但也有一定管制，雖有5%額度可自由運用，但存入專戶五年內，仍不可用於購置不動產、不動產投資信託（REITs）及不動產資產信託（REATs）等，否則將依法補稅。